Als ich auf das Problem gestoßen bin fand ich die Lösung direkt im offiziellen Bugreport zu dem Thema http://forge.typo3.org/issues/43484.
Der darin beschriebene Workaround hat bei mir perfekt funktioniert:
- Cache clearen,
- Typo3Temp leeren,
- Reload vom Backend.
Danach funktioniert der Extension Manager wieder wie gewohnt.